Une pénétration trop brutale peut provoquer micro-coupures ou saignements.
La sodomie est un facteur de création d'hémorroïdes, de fissures anales, voire
(pour les pratiques extrêmes dérivées de la sodomie) de prolapsus anal ou d'incontinence
anale. Le sphincter anal est normalement resserré, sauf pendant la défécation.
De ce fait, la sodomie peut être douloureuse. D'autre part, la muqueuse
rectale est fragile et poreuse aux virus et bactéries. Elle a la propriété
(dont tirent parti les suppositoires) d’absorber les substances déposées dans
le rectum. En conséquence, elle est un terrain propice aux échanges de maladies
sexuellement transmissibles, notamment du SIDA. C’est la raison pour laquelle
il est fortement déconseillé d’avoir un rapport anal sans préservatif avec une
personne dont on ne sait pas si elle est infectée par de telles maladies.